1984年成立“食品工程”专业；

1985年招收第一届本科生；

1986年经云南省政府批准为省属重点建设学科；

2001年被授牌“云南省重点学科”；

2005年获批“食品科学”二级学科硕士点；

2008年招收“食品科学与工程”和“食品质量与安全”两个方向的本科生；

2010年获批“轻工技术与工程”专业硕士学位点；

2013年与云南省人民政府食品安全委员会共建“云南省食品安全研究院”；

2014年“食品质量与安全”本科专业获得批准并招生；

2017年获批“食品科学与工程”一级学科硕士点；

2018年云南省食品安全研究院与现代农业工程学院组建“农业与食品学院”；

2019年“食品科学与工程”专业入选云南省一流专业；

2020年“食品科学与工程”专业入选国家一流专业建设点，并通过工程教育专业认证；同年，获批“生物与医药”工程专业硕士学位点；

2021年食品科学与工程学院正式成立；同年，昆明理工大学与江南大学、云南省科技厅共建的“云南绿色食品研究院”落地学院；

2024年参与获批“生物与医药”专业博士学位授权点。